A cirurgia endodôntica, também chamada de cirurgia paraendodôntica ou ainda apicectomia, é realizada para acesso direto da região ao redor do ápice da raiz de um dente e tratamento definitivo.

A cirurgia endodôntica está indicada em casos de falhas anteriores no tratamento endodôntico, em perfurações acidentais da raiz, na permanência de lesões que não respondem ao tratamento endodôntico convencional, em alguns casos de fratura de instrumentos endodônticos no interior do canal radicular.

A apicectomia trata-se do acesso cirúrgico ao ápice da raiz, ou das raízes em casos de dentes multiradiculares, e remoção do tecido infeccioso e granuloso que fica ao redor da raiz com remoção de parte dessa raiz. Pode ou não ser realizada juntamente com  a apicectomia a obturação (preenchimento do canal) retrógrada, ou seja, o canal será obturado do ápice radicular em direção a coroa, ao contrário do que é feito normalmente no tratamento de canal.